普通に
pip install cython
すると、以下の様なエラーが出た
error: command 'cc' failed with exit status 1
Quick fix to pip install error | MyGeekDaddyのあたりを参考にして
sudo ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future pip install cython
のようにしたら無事インストールできました。
追記
どうやら Apple LLVM 5.1 の clang になってから、gem, pipなどを使おうとすると、
今回のような問題が起きるらしい。
参考
Ruby - Macでgem installでunknown argument: '-multiply_definedsuppress'のエラー時の対応 - Qiita